在丽江高山植物园的发展与建设过程中，持续开展种质资源收集工作，建设滇西北高山亚高山重点保护物种繁育基地（栽培试验区、保育区和展示区）。开展重点保护野生植物种质资源（珍稀濒危、特有和有经济价值的野生植物资源）及活体圃专项收集；建立野生植物繁殖体系、生理生态适应性评价体系及关键生物技术的研究；开展已破坏生境的生态恢复及野生物种回归方面的工作；建立重点保护物种标本档案及数据库；开展杜鹃、报春等高山花卉和药用植物专类收集。

　　依托国家重大科学工程“中国西南野生生物种质资源库”和中国科学院青藏高原研究所昆明分部，围绕生物多样性保护，立足横断山南段，面向东喜马拉雅和青藏高原，以引种保育海拔2800米以上高山、亚高山地区的珍稀濒危植物、特有类群和重要经济植物等为主要内容，集科学研究、物种保存、引种驯化、新品种选育、科普服务及植物资源的可持续利用为一体的科学植物园。藉此促进当地科学研究、科学知识普及、公众环保意识教育、生物多样性保护、生物资源可持续利用、生态旅游及农户收入的增加。

　　建设目标：

　　1、建成云南野生植物种质资源的立体保存体系和保障国家生物战略资源的安全的重要基地。

　　2、建成横断山区高山亚高山植物集中展示的种质资源圃和物种就地、迁地保护中心。

　　3、为实施“西部大开发”和“绿色经济强国”战略提供科学支撑。

　　4、成为国际上有重要影响的高山植物科学研究及科普教育基地。

　　2010年12月，中国科学院昆明植物研究所、中国科学院昆明动物研究所、中国科学院西双版纳版纳热带植物园、云南省农业科学院、中国科学院云南天文台、丽江市人民政府六方签署协议共建丽江森林生态系统研究站（以下简称丽江生态站）。建立研究站目的：整合资源、科研仪器数据共享、多学科交流合作、开展联合研究发现解决重大科学问题、加速科技成果转化促进丽江地区教育和科技发展。丽江森林生态系统研究站位于丽江高山植物园内，其前身为2002年9月竣工并投入使用的丽江高山植物园野外工作站。

　　滇西北区域一直是生物领域国家野外台站建设的空白，“中国生态系统研究网络（CERN）”、“国家野外观测研究站”在此区域都没有布局。丽江森林生态系统研究站的建设，不仅与国家的中长期发展政策相吻合，而且是中国森林生态系统野外科学观测研究台站的重要补充。

　　1）位于滇西北核心地区，青藏高原至云贵高原的过渡地带，地处喜马拉雅山东侧的横断山区域的南部，是横断山区的中心地带，是许多生物类群的现代分化中心，具有较高的物种多样性、特有性和珍稀性，是世界上最著名的动植物模式标本产地之一，是全球生物多样性最为丰富的十个地区之一，是中国生物多样性保护行动计划列出的17个关键地区之一，具有极强的区域代表性；

　　2）具有各级垂直带典型的森林生态系统及生物多样性；

　　3）丽江生态站是滇西北区域唯一的森林生态系统研究站，同时依托丽江高山植物园，在保护生物学和森林生态系统研究中的学科代表性是极为明显的。该研究站对揭示我国寒温性高山亚高山地带性森林及其分布规律、生态系统类型的结构及其功能机制是不可或缺的；

　　4）西双版纳站 — 哀牢山站 — 丽江站 — 贡嘎山站 - 茂县站共同构成了青藏高原东缘南北向的森林对比研究样带，各站既有其独特性，又有其互补性；

　　5）2012年加入中国科学院生物局组织的“生物多样性研究网络”，作为科学院10个森林站之一，获得2014-2015年度修购专项院平台项目专项仪器支持。

　　建设目标:

　　1) 通过生态站的监测、研究和示范工作，为滇西北生物多样性保护和生物资源的可持续利用提供理论依据。

　　2）通过整合资源、科研仪器数据共享、多学科交流合作、开展联合研究发现并解决重大科学问题，提高仪器的使用效率和增强科学数据的共享能力，使之成为滇西北区域中心站，同时加速科技成果转化促进丽江地区乃至滇西北区域的教育和科技发展。

　　3）结合玉龙雪山现有的13处垂直样地、滇西北29处卫星样地建设，完善生态站样地系统建设过程，把生态站建成滇西北地区开展生物多样性动态监测、研究和示范平台。

　　4）通过与国际接轨，与其它各个生态站点开展区域联合研究，把丽江生态站建成为一个具有国际合作能力的开放研究平台，体现丽江生态站在滇西北区域和东喜马拉雅区域科研工作中的支撑和服务功能。